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Ｙ染色体ハプロタイプでは、本土日本人は「ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ２Ａ」と「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ２Ｂ１／Ｏ３」とのほぼ半々の混血と結果が出ていますし、この点は、今回、総合研究大学院のプレスリリースである意味、裏付けられたという事が言えます（Ｙ染色体ハプロタイプも参考にして方向性を定めたのでしょう）。しかし、総合研究大学院の調査方法では、アイヌ人（Ｄ２＊）と本土日本人（Ｄ２Ａ）の遺伝的違いが判別出来なかったということです。アイヌ人（Ｄ２＊）は、縄文人（Ｄ２Ａ）ではなく、同じ系列（Ｄ２亜型）の別集団（Ｃ３亜型が入ったのが証拠）と考えます。言語が違うのもそのせいでしょう。琉球（Ｄ２Ａ）と似ているのは、本土日本人（Ｄ２Ａ）でしょう。アイヌ人（Ｄ２＊）とは若干の違いはありますが、本土日本人のＤ２Ａに近い系統と言えます。朝鮮人（Ｏ２Ｂ＊）と日本人（Ｏ２Ｂ１）は、Ｏ２Ｂとしては系統が近いですが、若干異なるので、韓国人＝弥生人とはならないでしょう。ここまでは、Ｙ染色体ハプロタイプで説明しましたが、問題はｍｔＤＮＡです。日本はｍｔＤＮＡに関しては調べつくしたと思いますが、ｍｔＤＮＡとＹ染色体の結果が何故異なるのか、東ヨーロッパでも似た現象が発生していますが、現在のところ、原因がわからない点がジレンマとなっています。総合研究大学院の（ｍｔＤＮＡではなく核遺伝子を使用した）調査方法は、ｍｔＤＮＡ、Ｙ染色体とはまた別の方法である為、より真実に近い結果が得られるかもしれませんが、この方法では、アイヌ人と日本人、琉球人共通の「ＤＥ系統Ｄ亜型」内の違いと、弥生人と韓国人の「ＮＯ系統Ｏ亜型」内の違いまでは判別は出来ない欠点があります（常染色体では系統分析が出来ないのです）。総合研究大学院のプレスリリースは微妙に正直であるといえます。一番重要な点はその内容を飛躍して考えないようにした方がいいという事です。例を上げると、弥生人の渡来ルートとして、「朝鮮半島経由」については、現段階では否定できませんが、日本の稲の遺伝子パターン等から、依然として別のルートの可能性も考えられるという事です。一つでも先入観があると飛躍した誤った理解となってしまいます